Gruzini po raz pierwszy zabiegali o uznanie niezależności cerkiewnej pod koniec V w., tj. ok 150 lat po chrzcie Gruzji. 1500 lat później, pod koniec XX w. zmuszeni byli znów się o to starać.
W marcu 2019 r. przypadają kolejne rocznice dwóch ważnych wydarzeń w historii Cerkwi Gruzińskiej. 29 lat temu, w marcu 1990 r., patriarcha Konstantynopola Demetrios I przekazał patriarsze Gruzji Eliaszowi II oficjalne dokumenty Patriarchatu Ekumenicznego potwierdzające uznanie autokefalii Cerkwi Gruzińskiej oraz godność patriarchy należną jej zwierzchnikowi. 102 lata temu, w marcu 1917 r., podczas liturgii sprawowanej w katedrze Sweti Cchoweli w Mcchecie, wyznaczony na locum tenens biskup Leonid (Okropiridze) ogłosił przywrócenie autokefalii Cerkwi Gruzińskiej. Kończyło to okres egzarchatu wprowadzonego przez Rosję po bezprawnym odebraniu autokefalii Cerkwi Gruzińskiej w 1811 r.
Zadziwiającym jest fakt, że te ww. wydarzenia dotyczą kraju, który jako drugi na świecie przyjął chrześcijaństwo za religię państwową. Stało się to w pierwszej połowie IV w., w roku 326.
Pierwszym biskupem Mcchety (ówczesnej stolicy Gruzji) był Jan. Wyświęcał go patriarcha Antiochii. Jeszcze wcześniej datuje się pierwszych biskupów na terenie Gruzji Zachodniej, w Abchazji. Jeden z nich, Stratophilus, biskup Biczwinty, brał udział w pierwszym soborze powszechnym w Nicei w 325 r.
Od drugiej połowy V w. zwierzchnicy Cerkwi na terenie Gruzji noszą tytuł katolikosa. Zadbał o to ówczesny król – Wachtang Gorgasali. Oznaczało to podwyższenie rangi Cerkwi Gruzińskiej i uznanie jej niezależności. Wówczas także podzielono kraj na 12 diecezji. Ten sam król zdecydował o przeniesieniu stolicy Gruzji z Mcchety do Tbilisi, jednak centrum duchowym i siedzibą zwierzchnika Cerkwi pozostała Mccheta.
To w Mcchecie znajduje się jedna z największych świętości Gruzji – szata Chrystusa, w katedrze Sweti Cchoweli pochodzącej z pierwszej połowy XI w. Katedrę zaczęto budować w czasach jednoczenia się Gruzji Wschodniej (Kartli-Iwerii) i Zachodniej (Abchazji). W X w. król Abchazji, Leon, uznał zwierzchnictwo katolikosa Mcchety nad Cerkwią w Abchazji. W cerkwiach Gruzji Zachodniej zmienił się język nabożeństw – z greckiego na gruziński (w Gruzji Wschodniej służono po gruzińsku już od końca V w.). Na początku XI w. Cerkiew Gruzińska podniesiona została do rangi patriarchatu, a jej zwierzchnik otrzymał tytuł katolikosa-patriarchy. Pierwszy zwierzchnik z tym tytułem - Melchisedek - przez prawie cały czas swojej patriarszej służby nadzorował budowę katedry (trwała ok 30 lat).
W sprawie otrzymania rangi patriarchatu nie obyło się bez wizyt w Konstantynopolu, Antiochii i Jerozolimie. Do Konstantynopola jeździł i katolikos Melchisedek i ówczesny król – Bagrat. W procesie tym uczestniczył także - przybyły do stolicy Cesarstwa z gruzińskiego monasteru Iwirion na Atosie - św. Jerzy Hagioryta (Giorgi Mtacmindeli). Św. Jerzy udał się także do Antiochii i Jerozolimy, by z pozostałymi patriarchami omówić kwestię rangi Cerkwi Gruzińskiej. Wśród podnoszonych wówczas argumentów było m.in. to, że na terenie Gruzji, na wybrzeżu Morza Czarnego, nauczali dwaj apostołowie: Andrzej i Szymon. Cerkiew Gruzińska uznaje ich za swoich założycieli, dlatego też ma w swojej nazwie słowo „apostolska”.
Ślady związków Cerkwi Gruzińskiej z Antiochią pozostały do dziś. Na obrzeżach Mcchety, prawie nad samym brzegiem rzeki Argawi, blisko ujścia Aragwi do Mtkwari, znajduje się mała cerkiewka pw. św. Stefana, znana jednak szerzej pod nazwą Antiochia. To jedna z najstarszych cerkwi w Mcchecie, pochodzi sprzed VI w. Z kolei monaster Szio Mhwime, położony niedaleko Mcchety, to jeden z kilku gruzińskich monasterów założonych przez tzw. Ojców Syryjskich, którzy przybywali do Gruzji w celach misyjnych w V i VI w. z terenów Patriarchatu Antiocheńskiego. Do X w. w cerkwiach gruzińskich służono liturgię św. Jakuba, tzw. jerozolimską, przetłumaczoną z jęz. syryjskiego, wzbogaconą oryginalnymi pieśniami gruzińskimi.
Od XII do XIII w. Gruzja przeżywała tzw. złoty wiek, była jedną z ówczesnych potęg w regionie. Okres świetności skończył się jednak wraz z najazdem Mongołów pod koniec XIII w. Po upadku Mongołów, przyszedł czas najazdów tureckich i perskich. Osłabione państwo szukało sojusznika i wydawało się, że chrześcijańska Rosja może nim zostać. W 1783 r. podpisano tzw. traktat gieorgijewski, zgodnie z którym w zamian za obronę przed atakami krajów muzułmańskich Gruzja rezygnowała z samodzielnej polityki zagranicznej, zachowując jednak samodzielność w polityce wewnętrznej oraz niezależność Cerkwi. Ale w 1801 r. Rosja dokonała aneksji Gruzji, a następnie pozbawiła niezależności Gruzińską Cerkiew.
W 1810 r. pod rosyjską eskortą wojskową wywieziono do Petersburga katolikosa-patriarchę Antoniego II. Zarządzeniem cara, w lipcu 1811 r. pozbawiono go funkcji zwierzchnika Cerkwi Gruzińskiej, a Cerkwi odebrano autokefalię. Warlaam Eristawi został wyznaczony na egzarchę. Od 1817 r., kiedy ustanowiono nowego egzarchę, zwierzchnikami Cerkwi Gruzińskiej byli już tylko Rosjanie. Pilnowali m.in. tego, żeby w cerkwiach gruzińskich nie służono nabożeństw w języku gruzińskim, tylko staro-cerkiewno-słowiańskim (dla Gruzinów zupełnie niezrozumiałym). Liczba diecezji została zmniejszona z 24 do 5. W związku z wizytą cara Mikołaja I, na polecenie egzarchy pobielono wapnem freski w katedrach Sweti Cchoweli, Alawerdi oraz Ertacminda. Egzarcha uzasadniał to warunkami sanitarnymi (!).
W odróżnieniu od ówczesnej Cerkwi Rosyjskiej, Cerkiew Gruzińska była niezależna od państwa także pod względem ekonomicznym. Zmieniło się to w 1811 r. Dobra cerkiewne w Gruzji zaczęły być traktowane jako źródło dochodów państwa rosyjskiego. Duchowni przeszli na utrzymanie państwa. Zamknięto seminaria z gruzińskim językiem nauczania, a otwarto nowe - z rosyjskim. Niszczono wszelkie przejawy odrębnej, wielowiekowej tradycji gruzińskiej. Z inicjatywy jednego z egzarchów zebrano z różnych cerkwi i monasterów zabytkowe księgi liturgiczne